Năm 50 TCN, Viện Nguyên lão, đứng đầu là Pompey, ra lệnh cho Caesar giải tán quân đội và trở về La Mã với lý do nhiệm kỳ của ông tại Gaule đã kết thúc. Không những vậy, họ còn cấm Caesar ra ứng cử Quan Chấp chính. Trước tình hình này, Caesar nghĩ ông sẽ bị vu oan và cách ly ra khỏi đời sống chính trị nếu ông quay trở lại La Mã mà không có sự bảo trợ bởi một vị Quan Chấp chính hoặc sức mạnh của đội quân trung thành với ông. Thêm vào đó, Pompey còn buộc tội Caesar là "không phục tùng" và "âm mưu tạo phản".

Vào ngày 10 tháng 1 năm 49 TCN, Caesar vượt qua sông Rubicone (khoảng biên giới Ý) với duy nhất một binh đoàn lính Lê dương La Mã của mình và phát động nội chiến. Người ta tin rằng, trong khi vượt qua Rubicone, Caesar có nói "Alea iacta est" (Con xúc xắc đã được đổ). Tháng 1 thường là thời điểm khó khăn để đưa một đội quân ra ngoài xa trường, do đó các kẻ thù của Caesar khiếp vía khi hay tin này.[1]

Phe Quý tộc, bao gồm Mettelus Scipio và Cato Trẻ, chạy về miền Nam, không biết rằng Caesar chỉ có Đoàn Lê Dương 13 theo ông. Thực chất, quân chủ lực của ông hãy còn trấn thủ ở miền Bắc dãy Anpơ.[1] Caesar truy kích Pompey tới Brindisium, với hy vọng khôi phục lại mối quan hệ đồng minh với Pompey. Nhưng Pompey lẩn tránh Caesar. Thay vì tiếp tục truy kích Pompey, Caesar đến ở Hispania và nói: "Ta đến đây trước là để đánh với một quân đội không người lãnh đạo, sau là đánh một lãnh đạo không có quân đội". Để Marcus Aemilius Lepidus giữ La Mã, Mark Antony quản lý Ý, Caesar tiến hành một cuộc hành quân 27 ngày nổi tiếng tại Hispania nơi ông tiêu diệt đội quân chủ lực của Pompey.